Behandling
Den enda vetenskapligt förankrade behandlingen vid mikroskopisk kolit är budesonidkapslar (se Crohns sjukdom), som ofta även behövs som underhållsbehandling då sjukdomen har en tendens att återkomma vid utsättning.
I svåra fall kan man också försöka med azathioprin och 5-ASA, dock finns det lite vetenskapligt underlag för detta. Då mikroskopisk kolit är en väsentligen ofarlig sjukdom finns det dock inte heller något hinder för att använda symptomatisk behandling som t.ex. loperamid.